La Secretaría General es el órgano encargado de la gerencia administrativa, legal, financiera y técnica del Parlamento Andino. Su Oficina Central se encuentra en Bogotá D.C, Colombia, y su dirección se encuentra a cargo del actual secretario general, Dr. Eduardo Chiliquinga Mazón, ciudadano ecuatoriano, quien ejerce la representación diplomática ante el gobierno de Colombia.
Más información:
Tratado Constitutivo del Parlamento Andino (Artículo 9)
Reglamento General del Parlamento Andino (Artículos 28 y 29)